黄连的副作用：
中药成份复杂，药理作用更是复杂，现在的技术水平还不能准确的说明黄连的不良反应。但有一点是肯定的，它的副作用小。
黄连大苦大寒，过服久服易伤脾胃，拉肚子，影响到肠胃的运化功能，从而会影响到食欲，导致消化不良。除非体内有实热，否则慎用。
黄连具有着清热解毒以及消炎作用，对于大肠杆菌等都具有着抑制作用。可以泡水喝，但是对于脾胃虚寒的人不宜服用，苦燥伤津，阴虚津伤者慎用，因为是苦寒之品。
一般中病既止不宜久服，最好饭后服用。黄连的用量病轻者每日2-3克，病重者每日5-6克。儿童脾胃功能不健全，不可盲目服用黄连。
毒性：小蘖碱的治疗量相当安全，副作用也很少，长期服用也未见任何障碍，一次口服小檗碱2.0克或连用黄连粉100克未见任何副作用。在动物试验中，毒性也很轻，给小鼠口服不易致死，腹腔注射的最小致死量为0.01克/公斤，亦有测得其半数致死量为0.066克/公斤（黄柏或黄连则各为0.52，0.73克/公斤）。猫口服0.1克/公斤可引起全身抑制，呕吐，于8～10天后死亡，呼吸由兴奋转向麻痹，死亡前可发生惊厥。
黄连的食用禁忌：
注意事项：
凡阴虚烦热，胃虚呕恶，脾虚泄泻，五更泄泻慎服。
①《蜀本草》记录：畏牛膝。
②《药性论》记录：恶白僵蚕。忌猪肉。
③《本草经集注》记录：黄芩、龙骨、理石为之使。恶菊花、芫花、玄参、白鲜皮。畏款冬。胜乌头。
④《本草经疏》记录：凡病人血少气虚，脾胃薄弱，血不足，以致惊悸不眠，而兼烦热躁渴，及产后不眠，血虚发热，泄泻腹痛；小儿痘疮阳虚作泄，行浆后泄泻；老人脾胃虚寒作泻；阴虚人天明溏泄，病名肾泄；真阴不足，内热烦躁诸证，法咸忌之，犯之使人危殆。
⑤朱震亨记录：肠胃有寒及伤寒下早，阴虚下血，及损脾而血不归元者，皆不可用。