豆蔻的副作用：
肉豆蔻含大量肉豆蔻酸和烯类挥发油。不过，肉豆蔻也含有毒物质如肉豆蔻醚(myristicin)。肉豆蔻醚对人的大脑有兴奋作用，有致幻作用，会引起恐惧感，视线模糊，作呕头痛以及行为异常等。如果人服用超过7.5克的肉豆蔻，就会引起眩晕、谵妄、昏睡。严重的甚至引起肝变性。以哥罗彷提炼出来的物质，用在动物身上实验，有消炎、止痛、抗栓塞及抗凝结作用。
历代传统本草医药文献中没有记载肉豆蔻的毒性，只是现代医学杂志有多宗致死的报道，才利用炮制法降低毒性作用。肉豆蔻不是常用药，临床使用较少，临床报告也不多。传统处方中多生用，却未见中毒的报道。现在的药理实验也未发现肉豆蔻的急性毒性作用，并且提出肉豆蔻不必炮制的言论。
豆蔻的食用禁忌：
阴虚血少，津液不足,无寒湿者忌服。
①《本草经疏》:“凡疟不由于瘴气;心痛胃脘痛由于火而不由于寒;湿热瘀滞，暑气外侵而成滞下赤白，里急后重，及泄泻暴注口渴，湿热侵脾，因作胀满，或小水不利，咸属暑气湿热，皆不当用。”
②《本草备要》:“忌铁。”
③《本经逢原》:“阴虚血燥者忌之。”